La Organización para la Prohibición de las Armas Químicas (OPAQ) es el organismo encargado de la aplicación internacional de la Convención.

Su misión es asegurar la destrucción de las armas químicas  y evitar cualquier forma de su desarrollo o proliferación en el futuro.

Para alcanzar estos objetivos, la OPAQ recibe de los Estados Parte información sobre la aplicación de la Convención y realiza las actividades de verificación establecidas en la Convención.

Consta de tres órganos: la Conferencia de Estados Parte, el Consejo Ejecutivo y la Secretaría Técnica.

Además cuenta con varios órganos consultivos especializados, como la Comisión de Confidencialidad y el Comité Consultivo Científico-Técnico.

Conferencia de Estados Parte

Es el máximo órgano de decisión de la Organización y, por tanto, principal responsable de la aplicación y difusión de la Convención.

Está integrada por representantes de todos los Estados Parte, que se reúnen una vez al año o cuando la situación lo requiere.

Consejo Ejecutivo

Es el órgano de gobierno de la OPAQ, responsable ante la Conferencia de Estados Parte.

Consta de 41 miembros, elegidos por un período de dos años, que representan a cinco grupos regionales (Asía, Africa, Europa del Este, América Latina y el Caribe, y Europa occidental y otros Estados).

El Consejo Ejecutivo mantiene relaciones permanentes de cooperación con las Autoridades Nacionales de los Estados Parte.

Actualmente, España es miembro del Consejo Ejecutivo.

Secretaría Técnica

Encargada de llevar a cabo todas las tareas de aplicación de la Convención, recibe y procesa las declaraciones de las Autoridades Nacionales y realiza las actividades de verificación.

Su director es el Director General de la OPAQ, elegido por la Conferencia de Estados Parte por un periodo de 4 años. Actualmente ocupa este cargo D. Ahmet Üzücü, de Turquía.

La Secretaría General colabora con gobiernos, representantes de la industria química, medios de comunicación y ONG´s en la realización de todo tipo de actividades relacionadas con la difusión y aplicación de la Convención.