La Secretaría General es el órgano ejecutivo de la Autoridad Nacional para la Prohibición de las Armas Químicas (ANPAQ).

Está adscrita a la Secretaría General de Industria del Ministerio de Industria, Energía y Turismo, a través de su Gabinete Técnico.

Su titular tiene la categoría de Subdirector General o asimilado.

Funciones de la Secretaría General 

Bajo la dependencia y supervisión de la Autoridad Nacional, corresponden a la Secretaría General las siguientes funciones:

1. Recibir y remitir a la Organización para la Prohibición de las Armas Químicas (OPAQ) las declaraciones y cuanta información exija la Convención para la Prohibición de las Armas Químicas.
2. Asegurar que las inspecciones efectuadas por la OPAQ se realicen de acuerdo con la Convención y con los legítimos intereses españoles.
3. Adoptar las medidas de verificación y control, incluidas en su caso las de inspección, necesarias para el cumplimiento de la Convención.
4. Requerir, en su caso, la colaboración de las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad y de las autoridades aduaneras para efectuar sus controles.
5. Asegurar el cumplimiento de los requisitos de confidencialidad de los datos que maneje de acuerdo con la Convención y las instrucciones que reciba de la Autoridad Nacional.
6. Aquellas otras que le encomiende la Autoridad Nacional.